В конце XIX века деревня Шипицыно входила в состав Устюжского уезда Вологодской губернии. Образование было представлено церковно-приходскими школами, которые являлись не только образовательными, но и культурными центрами деревень. Шипицынская земская школа начала обучение детей 2 октября 1898 года. Всего училось 40 детей.

             20 июня 1917 года вышел закон о передаче церковно-приходских школ в ведение Министерства народного просвещения. Предписание было выполнено. 1939 год официально считается годом основания Шипицынской средней школы. В 1955 году был первый выпуск десятиклассников. В 1931 году в школе созданы пионерские отряды. В 40-е годы - комсомольская организация. В 1956 году была появилась фабрика «Умелые руки», которая работала на принципах самоуправления. Опыт работы  Шипицынской семилетки по организации профессионального обучения заинтересовал всю область. В 1966 году было начато строительство нового здания школы в кирпичном исполнении, в котором сейчас учатся обучающиеся с 1 по 11 класс. В 1977 году в школе организован Клуб интернациональной дружбы.                                                                                                        

Особую страницу в истории школы занимает спортивная работа. 25 лет учителем физической культуры был Стёпырев Николай Васильевич – чемпион области по марафону. Спортивные традиции в школе продолжил Свинобоев Евгений Николаевич, Заслуженный работник физической культуры Российской Федерации, воспитавший чемпионку Европы по лыжным гонкам Николаеву (Овчинникову) Светлану, членов сборной Архангельской области по лыжам Фомину Наталью и Шиловскую Светлану. Сегодня школа традиционно занимает призовые места в ежегодной районной спартакиаде, участвует и занимает призовые места в областных и региональных соревнованиях. В 2014 году команда школы по волейболу заняла второе место в области, представляя Котласский район.                                                          

Ученики Красюковой Ирины Валентиновны, учителя географии, Почётного работника общего образования Российской Федерации, 5 раз становились победителями областных олимпиад и участниками Российских олимпиад. В 2006 году Красюкова Ирина Валентиновна стала победителем конкурса лучших учителей России в рамках Приоритетного национального проекта «Образование».        В 2013 году учитель химии и биологии Гриханина Елена Геннадьевна стала победителем конкурса лучших учителей России в рамках ПНП «Образование» на областном уровне.

            В 1991 году школа – победитель областного конкурса «Школа года - 91», 1993 году – победитель зонального конкурса «Школа года - 93», победитель районного конкурса «Школа – 2007» в номинации «Школа гражданского становления», в 2008 году - победитель конкурса общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы в рамках ПНПО, в 2009 году включена в  Национальный  Реестр «Ведущие  общеобразовательные  учреждения России». С 2009 года школа является инновационным центром по направлению «Кадровая политика общеобразовательного учреждения», с 2015 года - муниципальным ресурсным центром по сопровождению инклюзивного образования детей с ОВЗ на территории МО «Котласский район».

             Ученики школы – победители и призёры районного конкурса «Ученик года», различных международных, всероссийских, региональных, областных и муниципальных олимпиад, конкурсов, интеллектуальных игр, марафонов, фестивалей, турниров, Чтений, конференций, акций и выставок.